Junior, actual campeón de la Copa Águila, jugará ante Pasto

Llave 1: Real Cartagena vs Nacional
Llave 2: Medellín vs Valledupar
Llave 3: Cúcuta vs Equidad
Llave 4: América vs Cali
Llave 5: Patriotas vs Envigado
Llave 6: Pasto vs Junior
Llave 7: Quindío vs Santa Fe
Llave 8: Millonarios vs Tolima

En la Fase III se enfrentarán de la siguiente manera:

Ganador llave 1 vs. Ganador llave 5 = S1
Ganador llave 2 vs. Ganador llave 6 = S2
Ganador llave 3 vs. Ganador llave 7 = S3
Ganador llave 4 vs. Ganador llave 8 = S4

La fechas de la Fase III de la Copa Águila 2016 inician el 24 de agosto, los partidos de ida y el 31 de agosto los de vuelta.

Semifinal

S1 vs. S3
S2 vs. S4

Las fechas para la semifinal de la Copa Águila 2016 son: partidos de ida 28 de septiembre y partidos de vuelta 19 de octubre.

Final

Los ganadores de cada semifinal jugarán la final de la Copa Águila 2016. Las fechas de dichos compromisos serán 26 de octubre y 2 de noviembre.